A mikroszkópok osztályozása a mikroszkópia elve alapján történik, és polarizációs mikroszkópiára, optikai mikroszkópiára, elektronmikroszkópiára és digitális mikroszkópiára oszthatók.
1. A polarizáló mikroszkóp egyfajta mikroszkóp, amelyet kutatóintézetekben használnak átlátszó és átlátszatlan anizotróp anyagok vizsgálatára, és fontos alkalmazásai vannak a tudomány és a mérnöki szakterületeken, például a geológiában.
2. Az optikai mikroszkópok általában optikai részekből, világító részekből és mechanikai részekből állnak. Egy optikai mikroszkóp 1600-szoros nagyításra képes egy tárgyat, a minimális felbontási határ 0,1 mikrométer.
3. Az elektronmikroszkópok alapvető szerkezeti jellemzői hasonlóak az optikai mikroszkópokéhoz, de sokkal nagyobb nagyítási és felbontási képességekkel rendelkeznek a tárgyak esetében, mivel az elektronáramlást új fényforrásként használják a tárgyak leképezéséhez.
4. A hordozható mikroszkópok főként az elmúlt években kifejlesztett digitális mikroszkópok és videomikroszkópok sorozatának kiterjesztését jelentik.
